Kakapo được nhà điểu học người Anh George Robert Gray mô tả lần đầu năm 1845. Tên khoa học của nó xuất phát từ tiếng Hy Lạp cổ đại, tên chi (Strigops) strix, sở hữu cách strigos "cú", và ops "mặt", tên loài (habroptilus) habros "mềm", và ptilon "lông vũ".[5] Nghiên cứu phát sinh chủng loài hiện nay đã chứng minh vị trí độc nhất của Kakapo trong chi Strigops cũng như với các họ hàng gần nhất là vẹt caca New Zealand và vẹt Kea (cả hai đều thuộc chi Nestor).[6][7][8] Chúng được coi là thuộc về liên họ Strigopoidea[9] (= Nestoroidea)[10] Kakapo cũng được đề xuất đặt trong họ Strigopidae.[9][11]

Một số tác giả cho rằng tổ tiên chung của kakapo và Nestor bị cô lập với các loài vẹt còn lại khi New Zealand tách ra khỏi siêu lục địa Gondwana, khoảng 80-85 triệu năm trước và khoảng 70 triệu năm trước thì kakapo rẽ khỏi chi Nestor.[6][7][8] Tuy nhiên, ngay trong Wright et al. (2008) thì các tác giả cũng đưa ra một số liệu thời gian khác cho sự tách ra của tổ tiên chung của kakapo + Nestor khỏi các dạng vẹt khác là 50 triệu năm trước[6] và điều này là khá phù hợp với các kết quả phân tích của Jarvis et al. (2014) khi cho rằng Psittaciformes tách ra khỏi Passeriformes khoảng 55 triệu năm trước.[12]